Хотя и ТОР, и ОЭЗ предоставляют льготы резидентам, у них есть ключевые отличия. ТОРы были созданы в основном для регионов Дальнего Востока, а затем распространились на другие субъекты РФ, с акцентом на создание производств и переработку. Они часто предлагают более глубокие и широкие льготы, особенно в части страховых взносов и налогов, а также имеют упрощенный административный режим. ОЭЗ же могут иметь более широкую специализацию (промышленно-производственные, технико-внедренческие, туристическо-рекреационные, портовые).